El STC presentó al Proyecto Metro una lista de 3,105 acciones que hasta junio de 2013 estaban pendientes y a cargo del consorcio constructor. Esta lista contemplaba trabajos faltantes o supuestamente mal ejecutados —según este análisis— y fue completada con información enviada por las áreas de Gerencia de Instalaciones Fijas, Gerencia de Obras y Mantenimiento, Dirección de Transportación y Dirección de Mantenimiento de Material Rodante.
Las supervisoras Lytsa y Coniisa coincidieron con esta evaluación. El consorcio rechazó las críticas y negó la existencia de trabajos faltantes o mal ejecutados.
El 30 de octubre del mismo año, el consorcio entregó a Proyecto Metro la obra, luego de que las certificadoras determinaran que era segura. El mismo día, el organismo pasó la Línea 12 a la responsabilidad del STC para su operación.
A partir del 1 de noviembre de 2012 y hasta el 31 de octubre de 2013, el consorcio quedó a cargo del mantenimiento y avanzó en la reparación y corrección de 3,100 pendientes. En este tiempo, la STC operó la línea y dio el seguimiento operativo establecido en los manuales. Para entonces, el gobierno de la Ciudad de México había cambiado de administración y la responsabilidad pasó a manos de Miguel Ángel Mancera.
Las acciones de mantenimiento estuvieron supervisadas por Coniisa, que emitió tres reportes el 31 de diciembre de 2013 y afirmó que el 18.89% de las acciones que se debían ejecutar no se habían realizado.
En noviembre de 2013, ILF Consulting Engineers, parte del consorcio certificador, señaló que faltaba mantenimiento correctivo y preventivo del sistema de vías, que ya presentaban desgaste en las ruedas de algunos trenes.A su diagnóstico se sumaron Proyecto Metro y Systra, una empresa contratada por el gobierno del Distrito Federal. Un año después, se suspendió la operación por petición del STC, dirigido por Joel Ortega.
Las empresas ICA, Carso y Alstom realizaron los arreglos, ya que el mantenimiento estaba a su cargo. Un año después se reinauguró toda la Línea 12. También se actualizó el Manual de Mantenimiento, ahora contemplando el desgaste ondulatorio en las vías.
En 2017, durante el terremoto del 19 de septiembre, se volvieron a hacer visibles varios daños. Carso, Colinas del Buen y Systra financiaron las reparaciones por su cuenta, con un costo de 15 millones de pesos. Las reparaciones se realizaron bajo la supervisión de Jorge Gaviño Ambriz en la STC, quien dio luz verde a la puesta en marcha y dijo que los refuerzos quedaban "sobrados" y con la aprobación del gobierno de Miguel Ángel Mancera.
El problema parecía haber terminado ahí, pero en 2019, vecinos de la zona mostraron en fotografías que las trabes estaban dobladas. El actual gobierno de la ciudad, liderado por Claudia Sheinbaum, no llevó a cabo una rehabilitación profunda, y el presupuesto de la CDMX destinado al metro se mostró reducido desde 2018. Florencia Serranía, la directora actual del STC, también está en el centro de las críticas, pero ha dicho que no renunciará.
En toda esta cadena de instituciones, empresas, acusaciones cruzadas y decenas de análisis y estudios, una frase resuena ahora entre los vecinos del lugar: "Era una tragedia anunciada".
