El documento, necesario para iniciar las obras, calcula la influencia de los proyectos en el entorno y busca prevenir, mitigar y restaurar los daños al medio ambiente, tema que ha sido criticado por organizaciones ambientalistas y activistas en toda la ruta del tren, pero de manera más específica en la sección que va de Cancún a Tulum y que suma 110.1 kilómetros.
Desde que se realizó la modificación a la ruta se han señalado las maneras en las que se perjudicará a la Riviera Maya. Entre ellas, destacan el impacto subterráneo y la deforestación.

Los daños bajo el suelo
- El 22 de febrero de este año, El Gran Acuífero Maya, iniciativa del explorador Guillermo de Anda, explicó que entre Playa del Carmen y Tulum hay 1,600 kilómetros de cuevas inundadas. El sistema se llama Dos Ojos - Sac Actún.
- El 22 de marzo el colectivo Jóvenes por la Solidaridad dijo que la edificación del Tren Maya destruiría el sistema y afectaría la flora y fauna del lugar.
- Centinelas del agua dijo en el mismo mes que se podrían causar el colapso y derrumbes de cenotes por las perforaciones de la maquinaria.
- Greenpeace denunció que las especies que habitan los ríos subterráneos serían afectadas en su flujo hacia el mar, a donde llegan, lo que lo afectaría y a la larga impactaría al turismo. Entre los animales, se encuentran peces ciegos que están en peligro de extinción.
- El 28 de marzo Ocean Futures Society rechazó la construcción y pidió al presidente Andrés Manuel López Obrador que hicieran juntos un recorrido por el Tramo 5 para señalarle los daños.