El Tren Interurbano México-Toluca ha estado envuelto en problemas desde el inicio de su construcción en 2014, que lo ha llevado a acumular siete años de obra, cuatro de retraso y un sobrecosto de 159%.
La actual administración decidió continuar el proyecto, iniciado por el ex presidente Enrique Peña Nieto, pero con una reestructura en la estrategia de construcción. La Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) pasó a hacerse cargo de más de la mitad de la ruta, mientras que el resto quedó bajo la dirección del gobierno de la Ciudad de México.