En Campeche, por donde atraviesa la ruta, se está haciendo un tratamiento especial, debido a que hay personas asentadas alrededor de las vías del ferrocarril que ya existen y operan en la zona.
Esto ha provocado que organizaciones civiles hayan recurrido a la vía jurídica para pedir que se cambie la ruta del proyecto para que no pase por la entidad.
En diciembre de 2020, la Asociación Indignación, el Centro Mexicanos de Derecho Ambiental, así como el Consejo Regional Indígena y Popular Xpujil, informaron que les fue concedida una suspensión provisional a las obras del Tren Maya en la zona, como medida mientras se resolvía un amparo interpuesto para evitar las construcciones de manera definitiva.
A lo que el Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur), dependencia a cargo del plan, ha respondido con plantear otras estrategias como ofrecer viviendas a quienes habitan la zona.
Hasta finales del 2020, se consideraba la construcción de 600 nuevas casas para habitantes del Tramo 2, con 109 metros cuadrados, tres recamaras, dos baños, sala comedor y elevador, dijo a Real Estate Market Xavier García Romero, enlace territorial del Tren Maya en Campeche.
Estos amparos, aunque sólo afectan a la parte de la nueva construcción y no a la rehabilitación de la obra existente, son los que más preocupan a Rogelio Jiménez Pons, quien está a la cabeza del organismo.